機管局表示，受疫情影響，機場三跑工程的填料供應今年2月受到嚴重影響，加上1月底的農曆新年假期，香港以外所有填料來源地點運作幾乎全部停頓，不過目前多個來源的填料逐步回復至目標水平或以上，3月以來整體填料供應仍能達到目標水平。

在立法會經濟發展事務委員會上，機管局表示，由於爆發新型肺炎，入境香港的工人必須接受14天強制檢疫，延誤工人復工，影響填海工程進度。但在多個來源提供穩定的填料供應下，加上重整施工次序及優化措施，機管局預計填海工程可繼續依照既定時間表進行，維持第三條跑道於2022年投入運作，以及整個三跑道系統於2024年啟用的目標。

有議員關注機管局現金流情況，會否出現危機及要政府注資，機管局說，現正與主要本地及國際銀行安排一項200億港元的5年期銀行貸款，銀行反應正面，局方正考慮提高有關貸款規模，強調三跑工程未有超支及延期問題，中長期有足夠資金支付。

對於有傳媒報道，香港三跑用作填海的海砂，疑是內地公司在台灣盜挖，政府及機管局均稱有確保供應商的海砂合法。