《港區國安法》列明在3種情形之下，可經香港特區政府或駐港國安公署提出，並報中央政府批准，由公署對危害國家安全的案件行使管轄權。

3種情形分別是案件涉及外國或境外勢力的複雜情況，特區管轄確有困難；出現特區無法有效執行《港區國安法》的嚴重情況；出現國家安全面臨重大現實威脅的情況。

有關案件由駐港國安公署負責立案偵查，最高人民檢察院指定有關檢察機關行使檢察權，最高人民法院指定有關法院行使審判權。立案偵查、審查起訴、審判和刑罰的執行等，適用《中華人民共和國刑事訴訟法》等相關法律的規定。公署人員依《港區國安法》執行職務的行為，不受香港特區管轄。

疑犯自被公署第一次訊問或採取強制措施之日起，有權委託律師作為辯護人。被告享有盡早接受司法機關公正審判的權利。