對於有意見指因應青嶼幹線豁免收費，要求巴士車費下調，運輸署發言人回應說，因應屯門赤鱲角隧道開通，運輸署已批准龍運巴士因縮短行車里數的6條巴士線的車費調低，由1.9元至12.7元不等。
另外，政府去年2月起豁免專營巴士使用政府隧道及管制區收費，營辦商需將節省的隧道費儲存在專用基金帳目，即「專營巴士豁免隧道費基金」。當上調車費時，需先利用基金的結餘抵銷加幅，因此車費加幅將會降低，讓乘客直接受惠。
專營巴士的車費是按由行政長官會同行政會議為各巴士專營權所批准的車費等級表釐定，收費標準取決於巴士線的組別和行車里數，而非相關路線有否駛經收費隧道或道路。