有報道指，港鐵東鐵綫在新訊號系統運作下，誤判列車與燈號之間距離。

港鐵回覆表示，列車顯示屏所顯示的停車距離為一個參考值，而當時列車已在燈位前停定，車長會按專業判斷，按燈號指示操作列車。同時，自動列車保護系統亦運作正常。而有關情況只會於「不停站模式」及手動駕駛的列車運作時，才有機會出現。團隊會督促承辦商調校系統，優化停車距離的顯示，進一步提升整體表現，亦已就事件通知有關政府部門。

港鐵表示，根據記錄，上星期日凌晨，一列不載客列車以「不停站模式」手動駕駛開往上水側綫停泊。根據港鐵的操作守則，車長在手動運作駕駛模式中，須配合燈號操作列車。當列車駛至大埔墟站附近，列車車長按程序，在燈位前約25米將列車停定，而列車駕駛室內的顯示屏，當時顯示建議可繼續前行的容許停車距離為100米。

港鐵指，當時車長已經將列車於信號燈前約25米停定，所以車長不會於燈號未轉到前進信號前，重新啓動列車。而當時駕駛室內的顯示屏所顯示的100米停車距離，仍然是在信號系統設定的安全範圍內。