雖然武漢肺炎 (COVID-19) 疫情至今已逾一年，但對於致病冠狀病毒 SARS-CoV-2 的演化起源依然未明。上周上載至預印期刊 bioRxiv 的中國研究指，雲南省一個相對小的範圍內抽查到的蝙蝠樣本發現，至少有 4 個全新發現的病毒。其中一個稱為 RpYN06 的冠狀病毒，其全基因組排序更與 SARS-CoV-2 （即武漢肺炎病毒）有 94.5％ 一樣。

山東第一醫科大學公共醫學院院長史衛峰的團隊在 2019 年 5 月至 2020 年 11 月間，於雲南省一個約 1,100 公頃，即相當於 1.7 個油尖旺區的區域，收集的 23 種蝙蝠共 411 個糞便、尿液樣本以及口拭子樣本。

團隊最終從樣本測序出 24 個冠狀病毒完整基因組，其中 7 組是最新發現的病毒完整基因組，4 個是與 SARS-CoV-2  （即武漢肺炎病毒）密切相關的全新病毒，以及 3 個與 2003 年造成沙士疫情的 SARS-CoV 相關病毒。當中團隊從小菊頭蝠 (Rhinolophus pusillus) 分離出的病毒樣本，含冠狀病毒 RpYN06 ，其全基因組排序更與 SARS-CoV-2 有 94.5％ 一樣，是現時已知第二接近 SARS-CoV-2 的病毒。

不過， RpYN06 在多個基因，包括 ORF1ab 、 ORF7a 、 ORF8 、 N 與 ORF10 均為已知最接近 SARS-CoV-2 的版本。此前已知最接近 SARS-CoV-2 的是 RaTG13 ，與前者基因組有 96.1% ，同樣在雲南被發現。

另外 3 種與 SARS-CoV-2 相關的冠狀病毒基因序列幾乎相同，並且與先前在中國廣西穿山甲中鑑定出的非常密切，但在用以感染的刺突蛋白基因序列不同。

團隊又指，在這批蝙蝠樣本中確定 17 個甲型冠狀病毒屬基因組，該屬主要會造成豬傳染性胃腸炎，亦有部份會造成人類感冒。

研究表明，蝙蝠所帶的冠狀病毒在雲南有顯著多樣性與高度流行，而生態模型亦估計，東南亞和中國南部最多有 23 種菊頭蝠科品種共存，其中最大的棲息熱點從南老撾和越南一直延伸到中國南部。此地區相信有大量與 SARS-CoV-2 和 SARS-CoV 有親緣關係的冠狀病毒存在，將有助確定 SARS-CoV-2 和其他致病性冠狀病毒的起源。

港大團隊早前也首次發現一種與 MERS-CoV 相關的蝙蝠冠狀病毒可在人類結腸腺癌細胞有效複製，即蝙蝠冠狀病毒有能力跳過中間宿主，直接感染人類，或會造成另一次冠狀病毒疫情大爆發。

來源：
Nature, COVID research updates: A small piece of land yields bats with a trove of new coronaviruses, 12 March 2021

報告：
Zhou, H., Ji, J.K., Chen, X. & et al. (2021). Identification of novel bat coronaviruses sheds light on the evolutionary origins of SARS-CoV-2 and related viruses. bioRxiv 2021.03.08.434390. doi: 10.1101/2021.03.08.434390

文／Alan Chiu