衞生署分別於 4 月 8 日及 4 月 12 日，接獲醫管局呈報兩宗孕婦接種復必泰疫苗後流產個案，但至今日傳媒報道後才公布。兩名孕婦都是 32 歲，分別於 3 月 23 日及 4 月 12 日，到伊利沙伯醫院及瑪麗醫院求醫。其中到瑪麗醫院求醫的女子，流產時已懷孕 23 至 24 周，但她於接種疫苗後兩日才得知懷孕。衞生署已就兩宗個案聯絡醫管局，又指兩宗個案目前未有證據顯示與疫苗接種有關。

署方指，一名 32 歲女子於 4 月 8 日，在聖保祿醫院社區疫苗接種中心打復必泰，當時無不適紀錄。她於 4 月 10 日驗孕才發現懷孕，到 4 月 11 日下體出血，下腹痛並排出胎兒，同日到瑪麗醫院急症室求醫，胎兒則於同日死亡。經評估胎兒重量，確認大約 23 至 24 周大。醫管局於 4 月 12 日通報個案。

另一宗於 4 月 8 日通報的個案，是另一名 32 歲女子。她於 3 月 23 日接種疫苗，當時沒有不適紀錄，到 3 月 25 日驗孕得知懷孕，至 3 月 31 日因下體出血，到伊利沙伯醫院急症室求醫，診斷為流產。

署方指，據復必泰疫苗的接種須知，一般情況下，懷孕期間接種疫苗不是常規建議，除非該女性被界定為有極高感染風險、或在感染後出現併發症的風險。正在懷孕或哺乳、及認為可能懷孕或計劃懷孕的女性，在接種復必泰疫苗前，應先徵求醫生意見，科興的接種須知則列明，懷孕期婦女不應接種。

署方亦指，接獲的臨床事件數據及總結報告，會於專題網頁定期發放及更新。如接獲在接種疫苗後 14 日内死亡，並符合呈報準則的懷疑異常事件，則會盡快透過新聞稿公布。