COVID-19

冠狀病毒亞屬 Sarbecovirus 在過去 10 年造成兩次人類疫症大流行 SARS 與 COVID-19 。上周刊於 Current Biology 的牛津大學研究指，這些可感染人類的冠狀病毒最近共同祖先存在於 21,000 多年前的石器時代，比先前估計的較為古老約 30 倍。

為了生存，病毒必須在短時間內飛快演化，同時也保持高度適應宿主，這對病毒基因突變的可能，產生嚴格的限制，反過來導致病毒的演化速度隨時間推移而減慢。新研究首次用模型，成功重現了這種觀察到的病毒演化速率衰減模式。

有参與研究的牛津大學分子演化學家 Mahan Ghafari 在聲明中指出，團隊開發的方法可以在更長的時間尺度內，找到病毒的歷史；而團隊基於 21,000 多年前病毒基因排序數據的估計，以及最近對人類基因組數據的分析，發現兩者非常一致，表明人類早在石器時代已感染了該類古老冠狀病毒。

研究又表明，雖然現有演化模型經常無法衡量病毒物種之間的差異，但新開發的模型將能夠可靠地估計病毒在廣大地區、不同時間的差異，甚至可貫穿整個動植物演化過程。

除了冠狀病毒的演化史外，團隊亦能重塑 RNA 和 DNA 病毒更遠的演化進程。例如團隊透過新方法，確認到丙型肝炎病毒傳播了近 50 萬年的說法。在大約 15 萬年前，丙型肝炎病可能隨現代人類「出走非洲」，一起傳播到全球其他地方。南亞、東南亞和中非人群中不同基因型的丙型肝炎病毒可能起源於這段漫長的時期，發現可能會解決其全球分佈的謎團。

今年初有未受同儕審查的研究指，在約 2.5 萬年前冠狀病毒可能已經感染了生活在現代東亞地區的人類祖先，該研究則分析全球 26 個不同人口中 2,504 人的基因組，以了解一組共 420 種已知會與冠狀病毒互動的人類蛋白質的基因變異頻率，從而推測出冠狀病毒的歷史。

來源：
Phys.org, Coronavirus epidemics first hit more than 21,000 years ago, 3 September 2021

報告：
Ghafari, M., Simmonds, P., Pybus, O.G. & Katzourakis, A. (2021). A mechanistic evolutionary model explains the time-dependent pattern of substitution rates in viruses. Current Biology Published 2 September 2021. doi: 10.1016/j.cub.2021.08.020

文／Alan Chiu