有議員就港鐵東鐵綫過境車程票價較專營巴士或小巴為高，要求政府檢討東鐵綫過境車程的票價結構及合理性。

運輸及物流局局長林世雄書面回覆表示，經由羅湖站及落馬洲站的過境旅程主要服務對象與本地車程不同，車費亦一定程度上補貼本地車程的票價，因此票價不應與重鐵系統下其他鐵路綫直接比較。他又說東鐵綫與其他鐵路綫不同，是結合本地及過境服務的鐵路，票價於2007年兩鐵合併前，已按本身的票價結構釐定，有歷史因素及特殊情況。

林世雄補充說港鐵的重鐵系統是以車程距離為定價的基本準則，並同時考慮市場競爭力、車程性質、現存整體車費結構等因為。近年落成的新鐵路綫車費，包括觀塘綫延綫、南港島綫、屯馬綫全線及東鐵綫過海段，都按這原則釐定。

林世雄表示，政府一直鼓勵各公共交通營辦商在平衡整體社會經濟環境、市場情況、本身的營運及財政狀況和乘客需求等因素後，適切回應市民的訴求，提供更多優惠。