深圳市口岸辦主任王剛表示，按照國家部署安排，皇崗口岸改造後在2026年投入使用，屆時除了「一地兩檢」之外，還要開展「合作查驗、一次放行」。

王剛接受當地傳媒訪問表示，兩地創科「一區兩園」的核心，要依托新的皇崗口岸實現發展目標。新的聯檢樓建成後實行「一地兩檢」，就可取消香港落馬洲管制站，按照香港的規劃，要在原來管制站區域建設科技園區。意味一個口岸的改造，可以為河套深港科技創新園區以及香港新田科技園區騰出更多土地，釋放更多空間。

王剛提到新大樓建成後會在「一地兩檢」基礎上實行合作查驗，核心是採取「一次通關、一次查驗」的方式，使深港之間信息共享，由原來雙方分別查驗，變成「一次過境、聯合檢測」，兩方查驗單位的工作方式沒有很大變化，但民衆通關時間會更短。