日本運輸安全委員會對日航客機與海上保安廳定翼機在東京羽田機場相撞的事故展開調查，定翼機的飛行記錄儀及通話記錄儀已經找到，但客機的兩個黑盒仍在找尋。委員會官員說，各種部件散落跑道上，當局計劃向幾名相關人士問話。

日航和國土交通省官員以調查仍在進行為由，拒絕談論控制塔與兩架飛機之間的對話。

日航說，事發前客機收到空中管制員的著陸許可。至於定翼機收到甚麼指示，根據傳媒報道，有不同講法。

日本放送協會引述國土交通省的消息人士說，空管員當時要求定翼機「在跑道外等候」。但放送協會亦引述不願透露姓名的海上保安廳官員說，定翼機機師在事發後提到，他「獲准起飛」。